J'ai le même problème aussi depuis peu.
Avant hier j'ai fait un enregistrement sur Arte HD. J'ai pu couper sans problème les pubs avant et après mon enregistrement avec Smartcutter, et en voulant contrôler le résultat avec VLC, je me suis rendu compte qu'il n'arrivait plus à lire le flux. Vraisemblablement, quelque chose a changé, et d'ailleurs, VLC indique désormais la durée sur ce type de flux alors qu'il indiquait systématiquement une durée nulle jusqu'à présent.
Bon de toute façon je ré-encode avec XMediaRecode pour réduire la taille lorsque je veux conserver un enregistrement, mais effectivement, le flux TNT-HD est devenu incompatible avec VLC (v2.0.3) sur mon PC.